Universitas Muhammadiyah Purwokerto terbentuk dari embrio IKIP Muhammadiyah Purwokerto, yang merupakan perkembangan lanjut dari IKIP Muhammadiyah Surakarta Cabang Purwokerto dengan alamat di jalan dr. Angka Purwokerto. Didirikan pada 5 April 1965, sebagaimana tercantum dalam Piagam Pendirian Perguruan Tinggi Muhammadiyah No. 011/III.JTG.65/79 PP Muhammadiyah, yang diterbitkan pada 18 Juni 1979.Pada awalnya terdiri dari dua Fakultas yaitu Fakultas Ilmu Pendidikan dan Pendidikan Umum. Pada tahun 1968 IKIP Muhammadiyah Surakarta Cabang Purwokerto memisahkan diri dan berubah menjadi IKIP Muhammadiyah Purwokerto, dengan Rektor Drs. H. Djarwoto Aminoto. Pada 1974-1975 dibuka Fakultas baru FKIS yang selanjutnya menjadi FPIPS dengan jurusan Pendidikan Geografi. Pada 1981-1982 dibuka Fakultas Keguruan Seni dan Sastra jurusan Pendidikan Bahasa dan Sastra Indonesia dan Pendidikan Bahasa Inggris. Tahun 1983-1984 dibuka tiga jurusan Pendidikan Moral Pancasila dan Kewarganegaraan, Pendidikan Sejarah, dan Psikologi. Selanjutnya tahun 1984-1985 berdiri Fakultas Tarbiyah Institut Agama Islam Muhammadiyah.
Pada 1985 IKIP Muhammadiyah Purwokerto merelokasi kampus ke Dukuh Waluh. Perpindahan ini berlangsung secara bertahap dan baru selesai pada 1 Oktober 1986. Tahun 1987-1988 dibuka Fakultas Matematika dan Pendidikan Biologi.
Tahun 1995, IKIP Muhammadiya Purwokerto berubah menjadi Universitas Muhammadiyah Purwokerto dengan SK Dirjen Dikti Depdikbud No. 345/DIKTI/KEP/1995 tanggal 26 Juli 1995 tentang perubahan bentuk IKIP Muhammadiyah Purwokerto menjadi Universitas Muhammadiyah Purwokerto.